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[简化基因组] 无参RAD测序,想要开发SSR,应该用一个文件输入MISA

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草履虫

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发表于 2019.5.5 18:50:17 | 显示全部楼层 |阅读模式

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测序送出4个群体每个群体5个个体,想要设计SSR,是应该以返回的tag文件里的碱基序列输入MISA软件吗?tag里的序列是分开,输入MISA时应该合在一起,还是看做单个?
比如
>1
TAGCATCGATCAGCAT
>2
TAGCTAGCTAGCATCAG
还是
>1+2
TAGCATCGATCAGCATTAGCTAGCTAGCATCAG
除了开发SSR之外,像我这种送样得出的结果还能适用于哪些分析呢?
我的导师不太了解这方面,合同也没有包含下游的分析,本人刚入实验室,希望各位老师指点迷津!
谢谢!
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  • TA的每日心情

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    发表于 2019.5.6 00:27:09 | 显示全部楼层
    (⊙o⊙)…
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  • TA的每日心情

    2019.5.6 08:58
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    发表于 2019.5.6 09:13:00 | 显示全部楼层
    单个个体做SSR分析,如果群体内个体遗传差别不大,每个群体挑选一个个体做SSR分析就行,SSR做下游分析限制性太大,除了比较,估计只能往群体遗传学方面靠,那样需要的样本就很多,但可以做的下游分析也增多了
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     楼主| 发表于 2019.5.6 12:41:22 | 显示全部楼层
    雄鹰 发表于 2019.5.6 09:13
    单个个体做SSR分析,如果群体内个体遗传差别不大,每个群体挑选一个个体做SSR分析就行,SSR做下游分析限制 ...

    谢谢!
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     楼主| 发表于 2019.5.6 12:42:41 | 显示全部楼层
    那数据分析的话 是应该整合在一起 还是分开呢?
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  • TA的每日心情
    no
    2019.5.16 19:25
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    发表于 2019.5.6 20:02:58 | 显示全部楼层
    学习~~~~~
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