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[表达谱] 涨姿势!怎么看KEGG代谢通路图

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  • TA的每日心情

    2017.11.10 13:58
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    发表于 2016.3.10 11:31:14 | 显示全部楼层 |阅读模式


    今天教大家怎么看代谢通路图,比如上面这个图,方框一般就是酶,方框里面的5.4.2.2不是IP,而是EC编号;小圆圈代表代谢物,你点上去,(别放手机上面,放电脑上去……)会出现C00668的东西,C代表compound,00668是这种化合物在KEGG中的编号,一般在KEGG中数据条目都是这样的,前面一个标志,后面一个五位数编号;大的圆方块,就表示是另一个代谢图了,所以就不展开了。

    但是:为什么这个图上有的小框框是绿色呢?(这是绿色吧?我蓝绿不分的,下同)

    因为这是一张特定物种(S. cere. 酿酒酵母)的代谢图,绿色的框框表示专属于这个物种。

    在KEGG中有两种代谢图
    ①一种是参考代谢通路图reference pathway,是根据已有的知识绘制的概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图,这种图上就不会有绿色的小框,而都是无色的,所有的框都可以点击查看更详细的信息;

    ②一种就是像上面这样的属于特定物种的代谢图species-specific pathway,会用绿色来标出这个物种特有的基因或酶,只有这些绿色的框点击以后才会给出更详细的信息。

    这两种图很好区分,reference pathway 在KEGG中的名字是以map开头的,比如map00010,就是糖酵解途径的参考图;而特定物种的代谢通路图开头三个字符不是map而是种属英文单词的缩写(应该就是一个属的首字母+2个种的首字母)比如酵母的糖酵解通路图,就是sce00010,大肠杆菌的糖酵解通路图就应该是eco00010吧。

    那么:怎么找这两种图呢?
    (1)有下拉列表的时候,在列表选择reference 或者是特定物种即可。
    (2)在pathway检索的页面http://www.genome.jp/kegg/pathway.html ,如下图:


    默认的就是map,参考图,你想要什么物中的代谢图写上它的名称就好了(种属缩写),如果不知道是哪3个字母,点击organism 选择即可。不过你点进去也是一片空白,需要你提示两个字母才会给出下拉条目。(本文转自PLOB)

    怎么样,试试看吧。

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    非常实用!  发表于 2016.3.10 14:23
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  • TA的每日心情
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.7.17 09:13:33 | 显示全部楼层
    谢谢小瑶!
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.7.18 16:52:02 | 显示全部楼层
    学习了,正好需要!
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  • TA的每日心情

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    又看一遍,谢谢基迪奥
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  • TA的每日心情
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    学习了,正是需要的东西,谢谢
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    发表于 2018.11.1 11:36:58 | 显示全部楼层
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    发表于 2018.11.14 19:20:32 | 显示全部楼层
    BUDONG   如何看差异显著基因呢
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  • TA的每日心情

    2017.3.13 13:48
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    发表于 2019.5.15 11:28:12 | 显示全部楼层
    human Diseases   pathway  有些酶的字体标记为红色,为什么?
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